La organización del sistema nacional y descentralizado se sostiene sobre la base de dos procesos claves: la Concertación de Propuestas y el Seguimiento Concertado y dos procesos de soporte: el Desarrollo de Capacidades y la Promoción de la Participación.

Estos procesos se concretan en las distintas instancias de la MCLCP:

Comités Ejecutivos:

- Identificación de Actores del Estado y de la Sociedad Civil.

- Instancia de Concertación y Seguimiento Concertado

- Instancia de Coordinación del Trabajo del sistema

Coordinación y Equipos Técnicos:

- Apoya, facilita, da  soporte y articula el funcionamiento del sistema de mesas; tienen un rol central en el desarrollo de capacidades y la promoción de la participación.

Estos cuatro procesos constituyen a su vez las cuatro líneas de acción a través de las cuales la Mesa de Concertación cumple con sus objetivos y funciones:

1. Concertación de propuestas

Desde su constitución, la MCLCP es expresión y resultado de un proceso de concertación. Mediante la concertación de propuestas la Mesa busca que las políticas públicas de lucha contra la pobreza garanticen una vida digna para todos y todas.

Entre los primeros acuerdos concertados que siguieron a su conformación destacan: i) el acceso a la información del Sistema de Información Administrativo Financiero-SIAF del MEF, ii) la formulación de Planes de Desarrollo Concertado, iii) la operación piloto de presupuesto participativo, iv) las actividades prioritarias a favor de la infancia y su prioridad en la asignación de recursos públicos.

Un momento importante para ampliar la concertación han sido y son las coyunturas electorales en las cuales se promueve y  apoya la concertación de políticas públicas con los actores políticos.  En ese sentido, la Mesa ha promovido acuerdos de gobernabilidad en el marco de las elecciones tanto nacionales como regionales y locales desde el año 2002. En estos procesos los candidatos de las distintas fuerzas políticas participantes se comprometen a determinados objetivos y metas en relación a la lucha contra la pobreza, los cuales deberán implementar en el caso de resultar ganadores. En ese momento se producen nuevos procesos de trabajo concertado en cada una de las Mesa, para, con las nuevas autoridades electas, para la mejor implementación de estos compromisos.

2. Seguimiento concertado

El seguimiento concertado que se realiza en el marco de la Mesa de Concertación busca contribuir a la implementación efectiva y eficiente de políticas, programas e intervenciones orientadas a la lucha contra la pobreza que pasan por la concertación entre Estado y Sociedad Civil. Parte de la consideración que los actores del estado y la sociedad civil tienen un compromiso común para erradicar la pobreza –en todas sus formas- de la vida de las personas. Asimismo reconoce los roles distintos que los actores sociales y estatales tienen, así como  las distintas concepciones del mundo y valoraciones, intereses y diagnósticos sobre la problemática que puedan tener. Y valora las distintas propuestas y la contribución que cada una de ellas puede hacer para tener una política pública cada vez más eficaz  al logro de los compromisos y objetivos comunes. 

Además de los resultados e impactos de las políticas públicas, son objeto de seguimiento: el diseño operativo y estratégico de la política, la contribución a la equidad que se tiene en su implementación, el rol de los diversos niveles de gobierno en su ejecución, el equilibrio en la atención a todos los aspectos de los que depende su éxito.

En tal sentido una de las acciones más importantes que ha venido realizando la MCLCP en esta área es el seguimiento a la implementación de los programas estratégicos presupuestales, en particular el Programa Materno Neonatal y el Programa Articulado Nutricional, y también el seguimiento al avance en el cumplimientos de los acuerdos de gobernabilidad, suscritos en las elecciones, por las nuevas autoridades electas.