La Mesa de Concertación para la Lucha Contra la Pobreza se caracteriza por combinar criterios de organización y representación territorial con criterios de tipo sectorial e institucional. Ello se refleja en el organigrama y la composición de sus distintas instancias.
A nivel territorial, la Mesa cuenta con una instancia de ámbito nacional, 26 instancias de ámbito regional y numerosas instancias de ámbito local (provincial y distrital). También existen en las regiones Mesas que no corresponden a la delimitación política, y que articulan diversos territorios: interprovinciales, interdistritales, conales o de cuenca, constituidas así en razón a la realidad geográfica y/o socioeconómica de los territorios.
En cuanto a su composición, cada instancia de la Mesa de Concertación, nacional, regional y local, debe tener un adecuado equilibrio y debe ser representativa de los principales actores del Estado y de la sociedad que están presentes en su ámbito.
En ese sentido no pueden faltar en ella representantes del Estado en sus distintos niveles (gobierno nacional, regional y local) y de las entidades más directamente vinculadas al quehacer del desarrollo y la inclusión social, de las organizaciones sociales, los gremios laborales y empresariales, los organismos no gubernamentales, así como representantes de las iglesias e instituciones confesionales y de los organismos cooperantes. Es importante también contar con la participación del representante de la Defensoría del Pueblo en cada ámbito.
Adicionalmente pueden incorporarse representantes de otros sectores y estamentos de la sociedad, ya que lo importante es que no quede fuera nadie que pueda contribuir a la lucha contra la pobreza y por un desarrollo humano integral.
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De acuerdo a sus normas de creación, la Mesa de Concertación para la Lucha contra la Pobreza tiene una estructura descentralizada con instancias de nivel nacional, regional y local (distrital y provincial). En todos sus niveles busca articular y/o coordinar con los otros espacios existentes de coordinación, participación o concertación, sectoriales o temáticos, en una perspectiva sistémica.